刘律师:你好!
  我是重庆一家企业,委托上海一家货代在重庆的分公司发4.8个立方曲轴到汉堡进行加工,因没有进出口权,同时委托其买核销单.报的是暂时进出口关,并向出核销单的外贸公司付了RMB8000的保证金,三方也签定了一个协议.到汉堡后,因加工时间延长,我电话传真均通知该货代申请延期,但该货代一直未办,知道上个月货物由该货代回运到上海,海关因没有申请延期要求交纳税金,该货代通知我们后不再搭理我们,并拒绝承认我们通知过他申请延期,因电话传真通知,我手里也没有证据说明我通知过该货代.
  请问刘律师,现在我该这样取回这批货,我,货代,外贸公司该承担各自的什么责任?

继昨日电话，报出报进是以谁的名义申报的？
查一下协议上的具体约定，按照协议确定各自的责任。

传真通知不是书面的证据吗?  如果对方是否可以说没有收到，以此来耍赖 ？

是的，如果对方否认需要其他相关证据佐证，比如邮政局记录、对方后续行为等。